Poluotok  Pelješac je bio naseljen već u mlađem kamenom dobu, neolitu, o čemu svjedoče brojne prapovijesne kamene gomile i pronađene kamene sjekire (nalazišta u spiljama Gudnja na Poraču između Ponikava i Česvinice, Spili na Kopnju kraj Nakovane i Prinčevoj spili na Zabradi iznad Trstenika.)

Kada su se u metalnom dobu obrazovale narodske zajednice Ilira, Pelješac su nastanili pripadnici plemena Plereja i tada su prostrujali i doticaji s grčkim i italskim moreplovcima koji donose razne stečevine i ovo primorje uvode u krug klasične mediteranske kulture. (Skoro je u jednoj spilji nadomak zeselka Nakovane pronađeno veliko  ilirsko svetište. To je arheološki  najvrjednije i najbogatije ilirsko nalazište jer je sačuvano neoštećeno pošto je špilja bila zatrpana gotovo 2000 godina, vjerovatno od napuštanja).

U drugom stoljeću prije Krista Pelješac osvajaju Rimljani, da bi početkom novog milenijuma sproveli gušću kolonizaciju osnivanjem malih naselja tzv. Ville Rusticae uz morsku obalu ili na plodnijim terenima, koji se dijele stanovnicima za uzgoj maslina i vinograda (brojni nalazi iz rimskih vremena pronađeni su u blizini Orebića, Vignja, okolice Janjine i Stona).

Kroz rani srednji vijek Pelješac se nalazi pod vlašću Bizanta, potom Neretvljana i Zahumske kneževine, koja se od 1170. nalazila pod vrhovnom vlasti srednjovjekovne države Nemanjića. Iz tog vremena - XI. stoljeće,  sačuvana je predromanička crkvica Sv. Mihajla sa freskama, kod Stona.

Za razvoj Pelješca ključan je ulazak u sastav općine Dubrovnik, koja ga je nastojala dobiti iz privrednih razloga, ali i stjecanja mosta za prodor prema srednjoj Dalmaciji.  Godine 1326. Dubrovčani osvajaju Pelješac i potom ga 1333. kupuju od pretendenata, srpskog Cara Dušana i bosanskog bana Stjepana Kotromanića.

Dubrovčani su sjevernije od nekadašnjeg naselja ispod brda Podzvizd podigli novi, današnji Ston i radi zaštite, monumentalni fortifikacijski sustav dužine 5,5 km. Zidine su prvenstveno štitile stonske solane koje su Dubrovčanima donosile goleme prihode, i upravo je trgovina solju bila jedan od temelja dubrovačkog bogatstva i moći.
Na poluotoku su uveli feudalnu ekonomiju, razdijelivši zemlje vlasteli i zaslužnijim pučanima, a zatečeni stanovnici postadoše kmetovi. Mnogi od njih su se tada usmjerili moru, što će dovesti do toga da  se Pelješac razvije u jedno od najvećih brodarskih središta na južnoj jadranskoj obali.

Sa strogim režimom, od 1358. nezavisna Dubrovačka Republika upravljala je poluotokom punih pet i pol stoljeća, sve dok je 1806. godine nisu "srušili" napoleonski ratovi.

Međutim, i za vrijeme Francuza, od 1808. do 1814. godine na Pelješcu su ostali isti feudalni odnosi i netaknuti dubrovački zakoni, propisi i običaji.

1814. godine Pelješac ulazi u sastav Austro-Ugarske, a stoljeće kasnije 1918., u okviru Hrvatske, u sastav novoproglašene zajedničke države Srba, Hrvata i Slovenaca, koja će kasnije promijeniti ime u Jugoslavija.
1991. godine kada je Hrvatska izašla iz SFRJ i dobila nezavisnost,  agresija na Pelješac je zaustavljena upravo nadomak Stona i Malog Stona koji su pretrpjeli ratna oštećenja.

Današnji Pelješac je plodonosno područje za uzgoj školjaka i ribe, proizvodnju vina i maslinovog ulja, uz sezonsko pružanje turističkih usluga, te se stanovništvo uglavnom bavi ovim ili srodnim djelatnostima.